바이오 중유의 경우 산업폐기물이나 폐윤활유 등이 혼합되지 않기 때문에 황이나 질소 함량이 낮다. 따라서 바이오 중유를 연료로 사용하는 것이 중유를 사용하는 경우보다 일반적으로 황산화물이 70%, 질소산화물이 16%, 미세먼지가 33% 적게 배출되는 것으로 알려져 있다.
석유 관리원의 최근 연구 결과에 의해서도 바이오 중유 발전 시에 중유 대비 황산화물은 거의 배출하지 않고, 질소산화물도 중유 대비 39% 저감하는 것으로 나타났고, 미세먼지는 28%, 온실가스는 85% 저감하는 효과가 있다고 보고되고 있기 때문에 오염원 배출 측면에서 바이오 중유 발전이 중유 발전에 비해 유리한 것은 부정하기 어렵다고 볼 수 있다.
이에 대해 바이오 중유 발전 비중이 신재생 에너지의 4.4%에 불과하기 때문에 오염원 배출 저감 효과는 미미하다고 주장할 수도 있지만, 중유 발전은 단가가 비교적 비싸 피크 타임에 전력 예비율을 높이는데 주로 사용되므로 애초에 발전 비중 자체가 작으며 발전소 근방을 기준으로 할 경우 오염원 저감 효과가 미미하다고 보긴 어렵기 때문에 이와 같은 주장에는 동의가 어렵다.
폐기물 재활용이나 오염원 배출 저감 효과 면에서 바이오 중유가 강점을 가지고 있는 것은 부정할 수 없지만 바이오 중유 발전이 장점만 가지고 있다고 보기는 어렵다.
이와 관련하여 바이오 중유의 단점으로 유가와 대두, 유채와 같은 곡물 가격등 바이오 중유의 가격에 영향을 줄 수 있는 요인에 따라 달라질 수 있지만 일반적으로 중유에 비해 단가가 비싸다는 점을 들 수 있다. 2014년 자료 기준으로는 바이오 중유 발전 단가가 중유 발전 단가에 비해 21% 비싼 것으로 나타났다.
또한 바이오 중유 수요가 적을 때에는 폐식용유와 같은 폐기물로 그 원료를 충당할 수 있을지 모르지만 바이오 중유 수요가 많을 때에는 대두, 유채, 옥수수 같은 식량으로 사용할 수 있는 원료를 대량으로 투입하여 곡물 가격을 폭등시킬 가능성도 고려할 필요가 있다.
즉 바이오 중유 발전 방식이 폐기물 재활용, 오염원 배출 저감 측면에서 강점을 가지는 것은 분명하지만 비교적 높은 단가, 바이오 중유 제조에 곡물 가격을 왜곡시킬 수 있을 정도의 대규모 곡물 투입 가능성과 같은 항목을 미리 고려하여, 어느 정도 수준에서 바이오 중유 발전 방식을 허용할 것인지에 대한 논의는 앞으로도 필요하다고 볼 수 있다.
따라서 바이오 중유 발전 방식이 탈원전의 결과물이냐 아니냐는 정치적인 논쟁에 집중하기 보다는 바이오 중유 발전의 강점을 제대로 활용하고, 단점을 보완할 수 있는 방법을 찾는데 논의의 중심을 두는 것이 바람직하다고 볼 수 있다.